Tháng 4 âm lịch năm 1289, Trần Nhân Tông xét công lao các tướng sĩ trong trận thắng quân Nguyên. Các tướng Trần Quốc Tuấn được phong đại vương, Trần Quốc Nghiễn phong Khai quốc công, Trần Quốc Tảng phong Tiết độ sứ; Đỗ Khắc Chung được ban họ vua; Nguyễn Khoái được phong Liệt hầu và 1 hương (xã) được mang tên ông, gọi là Khoái Lộ;[30] Phạm Ngũ Lão được phong Dực Thánh quân. Các tù trưởng người Mường, Tày, Thái, Dao đều được phong chức phục hầu.

Ngoài ra, Trần Nhân Tông còn phong cho tông thất có công, như con cháu Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn trấn thủ các vùng thượng du.

Xét tới những người từng theo hàng quân Nguyên khi quân Nguyên đang mạnh, quan viên phạm tội thì xử tử hoặc bắt đi đày, còn quân dân thì đều miễn tội. Trần Ích Tắc theo nhà Nguyên, bị đổi gọi là Ả Trần (ý nói nhát như phụ nữ). Trần Kiện và Trần Văn Lộng tuy đã chết nhưng vào năm 1289, vua Trần ra sắc lệnh bắt con cháu hai người cũng bị tịch thu gia sản và đổi sang họ Mai (枚).

Khi quân Nguyên thua chạy, bỏ lại một tráp công văn. Quân Trần bắt được, có nhiều giấy tờ của các quan lại tư thông với quân Nguyên. Đình thần muốn mang đối chiếu để trị tội, nhưng thượng hoàng Trần Thánh Tông làm theo gương Hán Quang Vũ Đế, cho rằng trị tội kẻ tiểu nhân cũng vô ích, rồi sai đốt hết đi.[31]